干细胞治疗一般说的是造血干细胞移植治疗，造血干细胞移植治疗可以治疗大部分血液系统恶性疾病，比如急性白血病、淋巴瘤、多发性骨髓瘤等，也可以治疗自身免疫性疾病，比如系统性红斑狼疮、地中海贫血等。

造血干细胞移植治疗是通过造血干细胞的移植，促进患者造血功能的恢复，达到治疗疾病的目的，而大部分的血液系统恶性疾病，都是由于造血功能出了问题，所以造血干细胞移植治疗能够提高患者的治愈率，常见的血液系统恶性疾病有急性白血病、淋巴瘤、多发性骨髓瘤等。

自身免疫性疾病是由于患者机体免疫系统功能紊乱，产生了针对自身抗原的抗体和致敏淋巴细胞，导致组织器官损伤和功能障碍。使用造血干细胞移植治疗，能够重建患者正常的免疫系统和造血系统，是非常好的治疗方式。造血干细胞移植治疗适合自身免疫性疾病比如系统性红斑狼疮、地中海贫血等患者。

通常造血干细胞移植有自体造血干细胞移植和异体造血干细胞移植，当自体造血干细胞已经不太正常时，可以选择异体造血干细胞移植，可能会出现一定的排异反应。