造血干细胞移植可以治疗血液系统的恶性肿瘤，比如急性白血病、慢性白血病、多发性骨髓瘤等。其次，它可以治疗实体瘤，比如实体瘤的干细胞移植。第三，它可以治疗一些非恶性疾病，比如再生障碍性贫血、重型地中海贫血、部分遗传性疾病等。第四，它还可以治疗部分免疫系统疾病，比如重症联合免疫缺陷病、慢性肉芽肿病等。第五，它还可以治疗部分代谢性疾病，比如糖原贮积症。

此外，一些实体肿瘤，如肝细胞癌、胰腺癌、卵巢癌等，也有一定的适应证，可以通过造血干细胞移植来进行治疗。

自身免疫性疾病是由于患者机体免疫系统功能紊乱，产生了针对自身抗原的抗体和致敏淋巴细胞，导致组织器官损伤和功能障碍。使用造血干细胞移植治疗，能够重建患者正常的免疫系统和造血系统，是非常好的治疗方式。